Данный курс является продолжением курса Органическая химия. Часть 1, но в отличие от первой части он предназначен в большей степени именно для студентов, обучающихся по химическим направлениям, поскольку дает существенно более углубленные знания органической химии. Значительная часть программы курса основана на открытиях, совершенных на пике развития химической науки, то есть во второй половине XX века. Во второй части курса сохраняется специфика в изложении материала по типам реакций, в отличие от классического расположения тем по классам соединений.